داستان بازی Far Cry 6 در جزیره‌ای خیالی به نام یارا (Yara) در دریای کارائیب روایت می‌شود. دنیای این بازی از وضعیت جمهوری کوبا، تحریم‌ها و رکود اقتصادی این کشور به همراه انقلابی که از سال ۱۳۳۲ تا ۱۳۳۷ (۱۹۵۳ تا ۱۹۵۹ میلادی) به وقوع پیوست، الهام گرفته شده است.

شما در این عنوان کنترل شخصیتی به نام دانی (Dani) را بر عهده دارید. او که دوران بچگی‌اش را بدون پدر و مادر و به همراه دوستانش در محله‌های فقیر‌نشین منطقه‌ی اسپرانزا (Esperanza) سپری کرده، هم‌اکنون در حال تلاش برای فرار از یارا و پناهنده شدن به کشور آمریکا است، اما پس از این‌که مرگ دوستان دوران کودکی‌اش را به چشم می‌بیند و بعد از آشنایی با کلارا (Clara)، رهبر گروه آزادی‌خواه لیبرتاد (Libertad) نظرش تغییر کرده و به جنبش مردمی علیه دولت دیکتاتور حاکم بر یارا می‌پیوندد.